Nederlands elftal
In oktober 2001 maakte Rafael op 18-jarige leeftijd tijdens een WK-kwalificatiewedstrijd tegen Andorra zijn debuut in het Nederlands elftal. In de tweede helft van de wedstrijd, die met 4-0 werd gewonnen, haalde Louis van Gaal hem van de bank.
Voordat hij werd opgeroepen voor het eerste van Oranje, vertegenwoordigde hij zijn land tegelijkertijd op drie niveaus: in Onder 19, Onder 20 en Onder 21.
Blessureleed zorgde ervoor dat er bijna een jaar voorbijging voordat hij zijn volgende interland speelde. Dat was aan het begin van de kwalificatie voor Euro 2004. Hij was een vaste waarde in de ploeg en kwam in drie achtereenvolgende kwalificatiewedstrijden tot scoren: tegen Oostenrijk (zijn eerste doelpunt voor het Nederlands elftal), Tsjechië en Moldavië.
In november 2007 (hij was pas 24) speelde Rafael tegen Wit-Rusland zijn vijftigste interland en in die vijftig wedstrijden maakte hij twaalf doelpunten. In 2008 ging Marco van Basten met een heel jong team naar het Ek in zwiterland/oostenrijk, en in dat team was Rafael een van de meest ervaren spelers(op Vd Sar en Van bronkhorst na). Op dat toernooi liet Nederland fantastisch voetbal zien met Rafael in een van de hoofdrollen ( helaas had het complete elftal een offday tegen rusland in de kwartfinale). Na dat toernooi begon de kwalificatie voor het WK 2010 in Zuid Afrika, nederland plaatste zich vrij makkelijk voor de eindronde, Tijdens het wk begon Rafael de eerste drie wedstrijden in de basis helaas raakte hij in de derde wedstrijd tegen Kameroen geblesseerd, voor de halve finale tegen Uruguay was hij weer fit maar begon hij op de bank, na een moeizame eerste helft van Oranje bracht van marwijk Rafael na de rust in het veld en begon Oranje meteen beter te voetballen en werd uiteindelijk de finale bereikt. Tegen Spanje in de de finale zat Rafael wederom op de bank, hij werd pas in de verlenging in de 95ste minuut in het veld gebracht door Van Marwijk, maar toen kon ook hij niet meer voorkomen dat Spanje er met de beker vandoor ging. Nu is het nederlands elftal al weer volop bezig met de kwalificatie voor het Ek 2012, dat word dan het 5de eindtoernooi dat Rafael gaat spelen en dan hoopt hij eindelijk is een prijs te winnen met het Oranje. Word wel weer eens tijd ook, (in 1988 werd nederland Europees kampioen in Duitsland,dus in 2012 is dat al weer 24 jaar geleden).